《史记儒林列传》曰：“余读功令，至于广厉学官之路，未尝不废书而叹也。”功令，是当时记载与发布的功绩命令，这里指的是关于教育政策及广开学路的法令，颇似今天的高等教育扩招政策。司马迁为何读功令至于广厉学官之路，竟然如此激动，未尝不废书而叹呢？
汉初统治者认为“举措太众、刑罚太极”是造成秦亡的原因，因此推行黄老之术，实行无为而治、与民休息政策，促进了社会稳定和经济发展，但也缺少统一人心的治国理念，整个社会面临着深刻的思想危机，潜藏着巨大的矛盾。在汉帝国走向强盛的同时，迫切需要用儒家思想文化来整治人心，用儒家贤人来管理社会，以维护帝国事业的向前发展。汉武帝采纳了被称为“汉代孔子”的硕儒董仲舒“罢黜百家，独尊儒术”的建议，建立五经博士制度，把学术纳入政治体系，让儒家学者分享政治权力带来的利益，以儒家学说作为国家意识形态，形成文化大一统，对天下人进行思想管理和思想统治，结束了“师异道，人异论，百家殊方”和“上亡以持一统，法制数变，下不知所守”的局面，为中华帝国的统治提供了法理依据，这是汉武帝在完善农耕社会建设中最富有历史意义的政治创举。尽管其主观目的是维护大一统体制的神圣和秩序，但客观上起到了增强民族凝聚力和统一意识的作用。从此，华夏儿女在儒家文化里找到了自己的精神故乡和价值根据，有了精神支柱、情感寄托和心灵归宿，生生不息地构建中华民族共有精神家园。
汉武帝依托至高权力，设置国家最高学府——太学，教材是唯一被官方批准的儒家经典，博士官也就是教师由清一色的精通儒术的经师充任，学生都是从全国各地精选出来的，在学校里接受系统的儒学教育，每年考试，学而优则仕。不学儒术，再有学问，也没有施展才干的机会，甚至已经身在官场，但因不通儒术，竟连话语权都没有。武帝建元元年（公元前140年），下诏“举贤良方正，直言极谏之士”。举主为丞相、御史、列侯、中二千石、二千石、诸侯相。丞相卫绾上奏说，被举之人“或治申（即申不害）、商（即商鞅）、韩非、苏秦、张仪之学，乱国政，请皆罢”，不是儒学出身的都不取。
在兴办太学的同时，汉武帝还命令各郡国建立学校，讲习儒家经书。汉武帝重视礼乐教化，设置金马、乐府等专署鼓励诗赋创作，罗致司马相如等著名文人和李延年等优秀音乐家，创作歌词诗赋、政论散文，宣扬儒术，润色鸿业，解读经典。实行旌表制度，在乡一级的吏员中设置三老，其职责是“掌教化，凡有孝子顺孙，贞女义妇，让财就患，及学士为民法式者，皆扁表其门”，把维系封建统治的纲常礼教纳入官方意志体系，强化人们的忠孝节烈观念，使儒风弥漫于社会现实。司法官员在审理“诏狱”过程中，甚至抛开国家法律，引用儒家经典作为审理案件的依据，即“引经决狱”。通过教化修身、以儒取仕、“引经决狱”，使人们的认知、情感、伦理、信仰、价值，都打上了儒家思想的深刻烙印，人们努力把自己塑造成忠臣、孝子、良民尤其是君子的形象。一种意识形态一旦被人们接受之后，便会以非凡的活力永久存在下去，成为国人的集体记忆和无形信条，不仅蔑弃难，改良亦难。
然而，“罢黜百家，独尊儒术”，所形成的一元化思维，以及统治阶级为学术法理化提供的利诱机制，长期以来却遏制了思想的自由发挥，束缚了创造性的思维，对于文化、科技的发展起了较为严重的阻碍作用，尤其是到明清时期居然走到了极端，演化出一套钳制人性的道德高压体制，出现“礼教杀人”“礼教吃人”的现象。
中国古代乃至近代的绝大多数思想家、哲学家都在做修己安人、束身寡过的学问，表现出极大的主观性。诸子出于王官，知识不出王宫；老子凭借职务的便利，钻进故纸堆里，终身寻道，唯一的出行，骑青牛出关，还不知所踪；孔子虽整理《周礼》，修订《春秋》，删定《诗经》，但述而不著，无手泽之遗，率弟子载礼品出疆，聚众讲学，游说君王，也没有走出中原；董仲舒“三年不窥园”；之后的大思想家更是自我封闭，求诸内心，悟道于洞、院、寺、观、场。这些都使得他们视野狭窄，信息闭塞，自然知识匮乏，社会经验缺失，创造活力不足，其学说亦无客观逻辑、实验、论证，深陷唯心主义泥淖而不能与时俱进。
中国封建社会统治阶级从自身利益出发，以尊崇儒术、科举制度和文字狱为主要手段，厉行文化专制主义，使“万般皆下品，惟有读书高”成为社会共识，而所读之书无非是“四书五经”，读书人“用力之要，尤在多读圣贤书，否则即易流于下”。“德成而上，艺成而下”是整个社会的信条。在国人心目中，科学技术不过是“奇技淫巧”，谁致力于它，谁就断送了科举仕进的前程，丧失获取功名利禄的机会，谁就会被世人斥为走旁门左道、不务正业，让人冷眼相待。而真正的自然科学研究者凤毛麟角，历尽艰辛所取得的成就，如科技成果、科学著作，往往又不受重视，弃置一边，因为“于功名进取，毫不相关”。诚如鲁迅先生所说：“外国用火药制造子弹御敌，中国却用它做爆竹敬神；外国用罗盘针航海，中国却用它看风水。”溥仪在《我的前半生》一书中写道：“我从宣统三年（1911年）学到民国十一年（1922年），没学过加减乘除，更不知道声光化电。”溥仪的课程有《孝经》《尔雅》，之间夹杂着《大学衍义》《朱子家训》《全唐诗》等，有中文教师、满文教师、英文教师授课，师资力量很强，可谓“精英教育”。但他长大成人以后，几乎成了生活的白痴，尤其没有数字和地理概念。在战犯管理所，溥仪五十岁时开始补习算术。溥仪说过一句要命的话：“一切有技术的人在那时都是被贵族看作卑贱的等级的。”
封建社会传统思想对自然物和自然现象认识的基本要求，就是把它作为“取辩之物”的基本手段，与统治阶级的政治、伦理观念相适应，论证皇权神授的客观性和天意的必然性，使得科学认识和科学活动充满了牵强附会的迷信色彩，无法从感性认识上升到理性认识，从而阻滞了科学技术的进步。徐光启在谈到元末明初以来的中国古代数学的发展时，曾感叹地说：“算术之学特废于近世数百年间尔。废之缘有二：其一为名理之儒，土苴天下之实事；其一为妖妄之术，谬言数有神理，能知来藏往，靡所不效。卒于神者无一效，而实者无一存。”传统社会思想在思维内容上排斥对科学技术的研究，在思维形式上将理论引向神秘主义。从中西方文化发展史看，东方偏重心的改造，西方偏重物的改造。
清代戴东原言旧道德之残酷，尤为痛切。吾国旧道德之含残忍成分及其阶级性，本最显著。旧道德不甚注意君对臣之仁及父对子之慈，而持重臣对君之忠，及子对父之孝。更最重女子之节。所谓礼教吃人，原乃事实。儒家也讲慈悲，只是不要压迫得太狠；也讲博爱，只是压迫中略施小惠；也讲和平，只是要求在下阶级过好当下生活，不可有非分之想和妄动。所谓的慈悲、博爱、和平，殆不过是怀柔在下阶级的工具罢了。
在封建社会，儒家思想的桎梏，造成人们的心理畸形、变态，即为鲁迅所痛心疾首的“国民劣根性”，社会上形成了麻木不仁的状态。任继愈说：“一个人长期囚禁在幽室，必然苍白失色；一株大树生在大石缝中，其根必然盘结扭曲。儒教压制了追求个性解放的人本主义思想的抬头，禁锢人们的思想，束缚人们的心灵。鲁迅面对灾难深重的中华民族，曾‘哀其不幸，怒其不争’，对儒教长期流毒的认识是十分深刻的。”正像清朝末期，一位美国记者对大清帝国的描写那样：“我们从清国人那麻木、呆板的面孔上看不到任何的想象力。他们的面容，从未闪现丝毫幻想的灵光。他们并非弱智，也不乏理性，他们是世界上最教条、最刻板的人。个人如此，整个民族更是如此：冷漠，很难脱出既有的框框，缺乏进取心，厌恶一切创新和改革。汉民族的这种特性，就好像与生俱来、深入骨髓的。他们实在不应该是这样啊！”
司马迁认为，儒学体制化、思想政治化、学术功利化、教育职场化，以功名利禄为诱导，一切都向实用利益看齐，这就使儒家原来的人文精神就丧失殆尽了。理想的圣贤之道，是希望知识和教育，可以为人类谋福祉，追求真理和生命意义，对天人之际有所关怀，即张载所说的“为天地立心，为生民立命，为往圣继绝学，为万世开太平”。然而，司马迁之叹，直到清末西风东渐，国势日颓，有识之士才真正幡然醒悟。清末最早出使欧洲、亲身接触西方文明的郭嵩焘感慨道：“武帝广厉学官，诱之以利禄之途，于是儒者之道以熄，三代圣王之留贻涣散遗亡，遂以永绝于天下。武帝之广厉学官，其祸更烈于始皇，此史公所以废书而叹也。”方苞读《史记》，看到司马迁“刺讥痛惜之意”，回顾历史，憬然领悟中国学术官僚化的历程，不胜感慨：“由（公孙）弘以前，儒之道虽郁滞而未尝亡；由弘以后，儒之途通而其道亡矣。此所以‘废书而叹’也。”