开元十七年，吴兢因《上贞观政要表》“书事不当”被贬，而其书没有被禁毁。这样，在玄宗之世有3个本子同时并存：一是正式进本，没有朝廷认可，留在集贤院或史馆而未经著录，因而《新唐书·艺文志》将其列入“不著录”的范围。二是进本的底本，三是底本之前的稿本。后二种，在吴兢家中。
唐代官方关于《贞观政要》的流传情况，自玄宗至顺宗四帝，均不见记载。《玉海》卷49引《会要》“元和二年十二月（宪宗）谓宰臣曰：近读《贞观政要》……六年三月帝曰：尝读《贞观政要》……”，是迄今所见最早关于《贞观政要》的记载。而宪宗读《贞观政要》，则不能不使我们将目光对准1个十分重要的人物――德宗至宪宗时的著名史官蒋乂（武）。
蒋乂（747－821），吴兢的外孙。其父将明，集贤院学士，安史之乱后，图籍淆乱，奏引蒋乂入院助其整理。蒋乂仅用一年多时间，便于乱中勒成部帙，得二万余卷。德宗贞元九年（793）累转右拾遗，充史馆修撰。史称蒋乂“在朝垂三十年，前后每有大政事、大议论，宰执不能裁决者，必召以咨访。乂征引典故，以参时事，多合其宜”。其“居史任二十年，所著《大唐宰辅录》七十卷、《凌烟阁功臣、秦府十八学士、史臣等传》四十卷。”
蒋乂出生时，吴兢尚在世，吴兢的藏书及《西斋书目》，包括他的著述的稿本和底本，是完整保存下来了的。《郡斋读书志》著录《吴氏西斋书目》：“唐吴兢录其家藏书，凡一万三千四百六十八卷。兢自撰书，附于正史之末，又有续钞书列于后。”吴兢故去后不几年，幼年的蒋乂便“从外家学，得其书，博览强记”。蒋乂“家藏书一万五千卷”，无疑包括吴兢藏书“一万三千四百六十八卷”以及“兢自撰书”，必然能够得见《贞观政要》的底本和稿本。即便他著《凌烟阁功臣、秦府十八学士传》不参考《贞观政要》，但其《史臣传》则不会不为吴兢立传。然而两《唐书·吴兢传》都不谈编录《贞观政要》之事。玄宗一朝《实录》及代宗以前《国史》等官方史籍没有关于《贞观政要》的记载，《旧唐书》沿用唐代《实录》、《国史》旧本，所以也没有记载。而《新唐书》广采杂史等官方记载以外的史料，蒋乂的《史臣传》在采录之列，仍然不见吴兢编录《贞观政要》之事，这的确是个难解之“谜”。但也有不可忽视的地方，这就是：《新唐书·吴兢传》增旧传《上中宗皇帝疏》、《上玄宗皇帝纳谏疏》、《请东封不适合射猎疏》以及直笔记录“张昌宗诱张说诬魏元忠”等事，均见于《唐会要》、《册府元龟》，惟有“座书事不当，贬为荆州司马”一事，“座书事不当”五字不见于官史，似当出自蒋乂《史臣传》。这或许正是蒋乂留给后人考察《贞观政要》成书、进呈的1个伏笔！
宪宗读《贞观政要》，跟“每有大政事、大议论”，必召蒋乂“咨访”，蒋乂“征引典故”，趁机推荐《贞观政要》相关。宪宗所读《贞观政要》，当是留在集贤院或史馆的吴兢正式进本，但这个本子也以“兵乱之后，图籍溷杂”而待整理。蒋乂入集贤院助其父“于乱中勒成部帙”，不可能不涉及《贞观政要》，而整理《贞观政要》又不能不参考家中所存《贞观政要》的底本和稿本。如果连蒋乂都弄不清《贞观政要》的成书问题和版本、文字的淆乱，恐怕其他人就更难有发言权了。《贞观政要》在唐代被皇家视为定本的本子，即是经蒋乂整理的本子。现今所见“读《贞观政要》”最早的记载在唐宪宗时，恰好证明是蒋乂使其姥爷的遗著得以重见天日的。经蒋乂整理过后，唐文宗、唐宣宗，直至宋仁宗所读、所见，均属这一系统。宋刊本《贞观政要》，无疑亦属这一版本系统。《玉海》引《邯郸书目》著录的《贞观政要》，也是这个版本系统。
蒋乂的四子中，係、伸、偕三人皆有史才，自文宗至懿宗相继为史官。史称：蒋氏“父子相继修《国史》、《实录》，时推良史，京师云《蒋氏日历》，士族靡不家藏焉。”蒋氏家藏《贞观政要》的底本或稿本，随之而流向社会，各本杂相抄录，所以出现淆乱。
迄今所知，在北宋编录《新唐书·艺文志》之前，五代后唐国子监于天成二年（927）曾经刻印过《贞观政要》，并流传到南宋绍兴年间。随后不久，传入契丹。重熙十五年（1046），辽兴宗命译汉籍，萧韩家奴“欲帝知古今成败，译《通历》、《贞观政要》、《五代史》”。至金哀宗时，赵秉文轮直进讲《尚书》、《贞观政要》，并进《贞观政要申鉴》。《贞观政要申鉴引》尚保存在《闲闲老人滏水文集》卷15，但译本不传，不知所据版本情况。
吴兢的底本或稿本、蒋乂的整理本，经两宋、辽、金数百年辗转抄录，出现“传写谬误”的情况。另一方面，随着理学在元、明时期的盛行，虽然当时的最高统治集团向往唐太宗“克敌如拉朽，所向无前”，“屈己而纳谏，任贤而使能，恭俭而节用，宽厚而爱民”，却又认为唐太宗“于正心、修身之道，齐家、明伦之方，有愧于二帝三王之道”。于是戈直在整理“传写谬误”的同时，更注重采辑唐、宋诸儒之论，间以己意，对唐太宗君臣的“嘉言善行、良法美政”作出新的诠释。22家言论以及戈直的“己意”，并非论《贞观政要》其书，而是在评“贞观之治”其事，反映着宋、元以来对于贞观之政认识的演变。由此，戈直集论本便被视为一部诠释“贞观之治”的论著而受到推崇。由于诠释的需要，其“移易篇章”、“刊刻衍脱”，均被忽略不提。元顺帝至元四年（1333）刊行后，明洪武三年（1370）又经宋濂以“中秘本”重校、重刻，成化元年（1465）宪宗“御制序”再刻。一枝独秀，取代了其他传本。
国内现存刊本，目前见于著录和通行者2种，一为国家图书馆藏洪武三年王氏勤有堂刊本(以下简称“明本”），一为成化元年戈直集论本(以下简称“戈本”）。《四库全书》所收内府本、嘉庆戊午(1798)扫叶山房重镌本，均为戈直集论本的翻刻本。私家收藏情况，有待新的发现。集校中发现，王先恭校注《魏郑公谏录》所引《贞观政要》，有与钞本全同而与刊本互異者。《魏郑公谏录》卷二《谏河南安置突厥部落》条末，王先恭引《政要·安边》文字，与钞本卷九《议安边》第一章文字全同，甚至连“十三年”太宗幸九成宫，也与钞本一样，讹作“十二年”。
国外刊本，现存4种，即元刻、明初重刻（以下简称“明本”）、成化再刻（以下简称“戈本”）和韩版注解本（以下简称“韩版”）。
国外钞本，目前所见基本都在日本。清和贞观年间（859－876），冷泉书院失火，图书尽毁。在随后的10来年间，藤原佐世奉敕根据重新搜集到的图书编定《日本国见在书目录》。其中，“卅杂家”著录有《贞观政要》，表明《贞观政要》一书在此之前已经传入日本。其“正史家”著录《东观汉记》百卌三卷，后有如下一段文字:
右《隋书·经籍志》所载数也。而件《汉记》，吉备大臣所将来也。其目录注云：此书凡二本……真备在唐国多处营求，竟不得其具本，故且随写得如件。今本朝见在百卌二卷。
由这段文字可知，吉备真备从唐朝带到日本大批图籍，并编有目录。吉备真备作为遣唐留学生，是天正灵龟二年（717）随遣唐使入唐，圣武天平六年（734）随下一次遣唐使返回。孝谦天平胜宝三年（751）又被任命为遣唐副使，至五年返回。天平六年遣唐大使藤原清河因船舶飘流安南，后入唐为官，未回日本。吉备真备“在唐国多处营求”图籍，应当是其遣唐留学的17年间（717－734）。在其“营求”的图书中如果有《贞观政要》的话，只能是吴兢的稿本或吴兢家中所藏底本。此时，吴兢刚刚遭贬，进本尚未获得朝廷认可，不可能让吉备真备抄录。而且，就目前日本现存钞本承传情况看，也与吉备真备没有多少关系。更何况《日本国见在书目录》著录《贞观政要》，是火灾过后残存下的十四（卷或篇）。
日本现存《贞观政要》钞本数目虽多，约20余种，但完整的钞本基本上分为3大系统：一为南家本系统，一为菅家本系统，另1个为“异本”系统。
（一）南家本系统，奥书记其源流，最早可以追溯到安元三年（1177），由正三位行宫内卿兼式部大辅播磨权守藤原永范“奉授主上既讫”。此即“安元本”，今仅见于小田原本考异中。
其后，经建久五年（1194）、建保四年（1216）、嘉禄三年（1227）、建长三年（1251）、六年传写讲授，到建治元年（1275）钞写的一部，其奥书记曰：“于时建治第一之历初冬上旬之候，于烛下所终功也，治部权少辅平朝臣兼俊。”是为建治本，日本现存《贞观政要》最古写本中最完整的一部。
（二）菅家本系统，奥书记其源流，最早可以追溯到建保四年之前，中经建保四年（1216）、嘉禄元年（1225）、贞应三年（1224）、安贞二年（1228）、嘉祯四年（1238）、仁治三年（1242）、弘长二年（1262）传写讲授。到永仁四年（1296）钞写的一部，其奥书记曰：“永仁四年（丙申）十月三日书写讫，执笔宋人明道。”此即永仁本，今仅见于小田原本考异中。
永禄三年（1560），李部大卿菅长雅抄录一部，为内藤湖南氏藏，故称内藤本，是现存菅家本系统最古写本。卷一《政体》贞观十九年一章，末句为“庶几于时康道泰尔”。“时康”二字旁注以“光孝天皇讳”，“道泰”二字旁注以“文德讳”。日本当时“御座时，不读御讳”，这是为了提醒向两位天皇讲读时，注意避讳所作的旁注。文德天皇850－858年在位，光孝天皇884－887年在位，由此可知菅家本传入日本的时间一定在文德天皇之前。吉备真备之后，文德天皇之前，有两次派遣遣唐使，一次在恒武延历二十年至二十四年（801－805），正当唐德宗晚年；一次在仁明承和元年至六年（834－839），正当唐文宗时。原田种成推测：菅家本《贞观政要》是菅原清公为遣唐判官，从唐朝带入日本的。菅原清公受命为遣唐判官，时在恒武延历二十年（801）八月，正式出发则在二十三年七月，至延历二十四年（805）六月即返回日本，在唐朝时间仅仅一年（804－805）。不论是菅原清公，还是仁明承和年间的遣唐使，两次抄录《贞观政要》，都只能是蒋乂家藏吴兢底本或稿本，而蒋乂整理本既未经著录，岂能任人钞写？更何况，原田种成也仅仅是1种推测。还要提醒读者的是，菅家本卷九原阙，是据宋刊本补入的。
文化六年（1809），菅原长亲写本卷二、卷九末奥书，与内藤本奥书同。各卷末有文化六年五、六月间菅原长亲写记，此为菅原长亲本。菅原长亲本，又有若干转写本，均出文化年间。
（三）在南家本、菅家本2个系统之外，还有1个被称为“异本”的系统，卷四与南家本、菅家本、各刊本完全不同。
写字台文库藏本（写字台本）缺卷一、卷二。
藤波家藏本（藤波本）缺卷一、卷二、卷七、卷八。
两本均缺奥书识语，传授情况不得而知。
现存最古假名《贞观政要》（假名本），卷第四与写字台本、藤波本全同。此本乃源赖朝妻北条政子命菅原为长用假名翻译之译本，文禄四年（1595）梵舜自写，正保四年（1647）木版刊印，大正四年活字刊印。据菅家本奥书，菅原为长仁治三年（1242）为后峨嵯天皇进讲《贞观政要》，用的是菅家本，而此译本所据则非菅家本系统。由此可知，“异本”系统与菅家本系统差不多同时传入日本，只不过没有受到重视而已。“异本”与南家本、菅家本同时传入日本，更加说明藤原氏、菅原氏、北条氏等传钞的《贞观政要》，要么是吴兢最初的稿本，要么是吴兢进本的底本，而绝非进本或定本。
3大系统而外，还有1个江家本。奥书记道：“本云 以累代秘说本奉授圣上了，尤可秘藏也。宽弘三年三月五日，吏部大卿江判。朱云 宽弘九年闰七月念一日，藤家本一校了。江匡衡。”宽弘三年，公元1004年，这是所见日本最早给天皇进讲《贞观政要》的记录，也说明江家本的年代。今仅见于狩谷掖斋校本、松崎慊堂手泽本所引。
此外，完本尚有兴福寺藏本（兴本）。卷10末奥书，自安元三年至建久六年为菅家本奥书，接下来是“承元二年（1208）四月十五日甲寅奉授主上既讫。此书当家已奉授二皇了。实帝王之龟鉴、吾道之重宝也。虽片时不可出他处者也。从三位行民部卿藤原朝臣光范（春秋八十三岁）。”以下，为贞永、永仁、弘安记，正德二年修补。宝历五年（1755）南都兴福寺誊写，是为兴福寺本（亦称宝历本）。第一册第一叶栏外，有记云：“凡朱书者菅本之原本也、墨书者南家本之写也。”
钞本之多，难以尽数。文政元年（1818），阿波介、山田以文，以所见古写本合校，是为现存第1个较完备的合校本。现录其《古本校合凡例》如下：
八条左府本; 二条院御点本; 菅本; 或本; 南家本; 异本; 古本; 一本; 摺本; 亻本; 才本; 家本; 自本;永本（菅长雅卿亲写本，有永禄三年之奥书，故称永本，今为五条家藏）; 江家本（原本卷子本，有匡衡朝臣奥书，故称江本）。
由此《古本校合凡例》可知，当时存世古本不下十五种。以所见奥书识语为据，《贞观政要》在日本受到重视、开始流传，是在大江匡衡（952－1012）所在年代，相当北宋太宗、真宗时期。而系统承传、抄录，年代则大致相当北宋末年。比较上述3大系统钞本与元、明刊本，发现其间的重大差异如下：
（一）篇目的有无不同
1、卷第二，《直谏》附，南家本、菅家本无。元刻、明本、韩版15章，见于写字台本卷第四者12章，多钞本3章。戈本10章。
2、卷第四，南家本、菅家本与刊本篇章同。写字台本卷第四，篇章与各本完全不同，为《辅弼》第九（4章），《直言谏争》第十（13章），《兴废》第十一（3章），《求媚》第十二（1章），计4篇21章。元刻、明本、韩版15章中，有2章与《辅弼》同，有10章与《直言谏争》同。《直言谏争》第二章、第三章，《兴废》全三章，共5章为各本所无。
3、卷第八，《禁末作》附，元刻、明本、韩版有，凡3章。钞本、戈本无。
4、卷第八，《辩兴亡》第三十四，钞本无。《玉海》引《邯郸书目》有。明本2章，戈本5章。由此，卷九、卷十出现编序不同的问题：
菅家本：卷第九（据宋刊本补，所以作）：《议征伐》第三十五、《议安边》第三十六；而卷第十又为：《论行幸》第三十六，《论畋猎》第三十七，《论祥瑞》第三十八，《论灾异》第三十九，《论慎终》第四十，出现重复编序（“第三十六”）的问题。
南家本、写字台本：卷第九，《议征伐》第三十四，《议安边》第三十五；卷第十，《论行幸》第三十六，《论畋猎》第三十七，《论祥瑞》第三十八，《论灾异》第三十九，《论慎终》第四十。
（二）篇章的有无不同
1、刊本有、钞本无者12章：卷二《纳谏》3章，《直谏》附3章，卷三《君臣鉴戒》1章，卷五《论公平》1章,卷六《论贪鄙》4章。
2、钞本有、刊本无者16章：卷一《政体》6章，卷六《慎所好》1章，《杜谗佞》3章，《论悔过》1章，《论奢纵》1章，《论贪鄙》1章，卷七《论文史》1章，卷八《务农》1章，《论刑法》1章。
3、《上贞观政要表》，钞本、明本有，而元刻、韩版、戈本无。
（三）必须提出的文字问题
1、不论钞本（南家本、菅家本、写字台本），还是刊本（元刻、明本、韩版），都有以“太宗”二字作“上”字者。以原田种成所集《贞观政要定本》、《贞观政要》上、下（校释本）二书为例，卷一《政体》第二、四、五、七、十九章，卷二《求谏》第五章，卷三《论择官》第三、六章，卷四《教戒太子》第一章，卷五《论忠义》第十章、《论孝友》第四章，卷六《论俭约》第二、三章、《论仁恻》第三章、《慎言语》第二章、《论贪鄙》第二章，卷八《论赦令》第二、四章，卷九《议征伐》第十三章，以“太宗”作“上”。同样，卷二《任贤》第三章，卷五《论诚信》第一章，又以“太宗”作“帝”。这显然是唐代《实录》或《国史》原文，吴兢抄录出来准备编录“贞观故事”或《贞观政要》。一部进本或定本，怎么会对唐太宗有如此不统一的称谓呢？
2、以钞本、刊本文字比勘，互有重大脱漏、错讹。
1）钞本脱漏者。卷二《任贤》，各本均8章，排序完全相同，然文字互异处颇多。魏征一章，刊本、《旧唐书》有而钞本大段脱漏者5处，约180字。李勣一章，仅章末两处，钞本就脱漏125字。罗振玉校卷五、卷六，指其大段脱漏者：卷五《论忠义》贞观五年一章，钞本脱19句100字；《论公平》长乐公主一章，钞本脱漏56字；《论诚信》魏征上疏一章，钞本脱漏396字（罗振玉未见的菅家本、写字台本，《论诚信》贞观十一年魏征上疏一章，中间仅一处就少1465字）；卷六《论奢纵》马周上疏一章中，钞本有24字为刊本所无，而刊本却另有600多字为钞本所无。
2）刊本脱讹者。罗振玉校卷五，《论诚信》贞观十一年魏征进言一章，戈本脱漏35字，以致“脱误不可通”。罗振玉未见的元刻、明本、韩版，《论诚信》贞观十一年魏征进言一章，章末之前较钞本、戈本少2953字。特别要提到的是，卷十《论慎终》各本编次完全相同，但贞观九年的一章中，有一段文字钞本、刊本互异，致使文意完全背离。
钞本原文：房玄龄进曰：“臣观近古拨乱之主，皆年逾四十，惟汉光武年三十三。岂如陛下年十八便事经纶，遂平天下，二十九升为天子，此则武胜古也。少从戎旅，不暇读书，贞观已来，手不释卷，知风化之本，见理政之源，行之数年，天下大治，此又文过古也。昔周、秦以降，戎狄内侵，今戎狄稽颡，皆为臣吏，此又怀远胜古也。已有此功业，何可得不善始慎终耶？”
刊本原文：房玄龄因进曰：“陛下扌为挹之志，推功群下，致理升平，本关圣德，臣下何力之有？惟陛下有始有卒，则天下永赖。”太宗又曰：“朕观古先拨乱之主，皆年逾四十，惟光武年三十三。但朕年十八便举兵，年二十四平定天下，年二十九升为天子，此则武胜于古也。少从戎旅，不暇读书，贞观以来，手不释卷，知风化之本，见理政之源，行之数年，天下大理，风移俗变，子孝臣忠，此又文过于古也。昔周、秦以降，戎狄内侵，今戎狄稽颡，皆为臣妾，此又怀远胜古也。此三者，朕何德以堪之？既有此功业，何得不善始慎终邪？”
两段几乎相同的文字，钞本是房玄龄赞美唐太宗，而刊本则成了唐太宗自我赞美。前一篇（《论灾害》）前一年（贞观八年），唐太宗刚刚表示过：“吾之理国，良无景公之过。但朕年十八便为经纶王业，北剪刘武周，西平薛举，东擒窦建德、王世充，二十四而定天下，二十九而居大位，四夷降伏，海内乂安。自谓古来英雄拨乱之主无见及者，颇有自矜之意，此吾之过也。”一年过后，同样的赞美之辞，出于房玄龄之口，比出于唐太宗自己，更觉合乎逻辑。况且刊本中唐太宗还有“此三者，朕何德以堪之”一句，也是表示自谦之意的。两段文字，当以钞本为妥。
3)互为错乱者。卷九《议安边》，钞本3章，戈本2章，是关于安置突厥和以高昌为州县事。以高昌为州县一事，钞本、戈本各为一章，文字相同。安置突厥，钞本分作两章：一章为安置突厥部落。突厥部落来降，诏议安边之术，中书令温彦博与魏征辩论，太宗用温彦博议，自灵州至幽州置四都督府，居长安者近万户。十二年（按：当为十三年）太宗幸九成宫，突利可汗弟阿史那结社率阴结所部，夜犯御营，事败被斩，太宗悔处其部众于中国，还其旧部于河北。另一章为安置突厥首领。突厥首领来降，皆拜将军中郎将，五品以上百余人，惟拓跋不至，又遣使招慰，凉州都督李大亮上疏，以为突厥顷国入朝，悉授大官，非中国之较比《通典》卷197《突厥》上、《旧唐书》卷189上《突厥传》、《唐会要》卷73《安北都护府》，则李大亮上疏在前，而朝议安边之术在后；温彦博与魏征辩论之外，尚有中书侍郎颜师古、夏州都督窦静、给事中杜楚客、礼部侍郎李百药等上奏、上表，太宗用温彦博议。
针对安置突厥首领，以李大亮上疏为一章，并无不妥，但钞本第二章以“贞观十四年太宗与侍臣议安置突厥之事”开头，紧接着就是中书令温彦博对曰云云、给事中杜楚客云云，这显然是贞观四年朝议安边之术的内容，被错置在此，而且标年也标错了。戈直发现这一问题，便以《通鉴》叙事为序，认为安置突厥部落、安置突厥首领“共为一事”，便“次第其辞，合为一章”。
不论钞本、戈本，温彦博所言“隋文帝劳兵马，费仓库，树立可汗，令复其国，后孤恩失信，围炀帝於雁门。今陛下仁厚，从其所欲，河南河北，任情居住，各有酋长，不相统属，力散势分，安能为害？”60字，则不见《通典》、《旧唐书》、《唐会要》、《册府元龟》。
出现上述重大差异的最根本原因，就是因为《贞观政要》原本就没有1个所谓的“吴兢定本”。
《上贞观政要表》，钞本、明本有，而元刻、韩版、戈本无。开元十七年吴兢因《上贞观政要表》“书事不当”被贬，其书虽然未被禁毁，正式进本却也没有朝廷的认可，留在集贤院或史馆而未经著录。这样，就出现了《上贞观政要表》与《贞观政要》分离的情况。前面多次提到，钞本得自吴兢家藏的可能性最大，自然有《上贞观政要表》。而元刻、韩版承袭宋版，为宋代皇家藏书，吴兢因表获罪，表、书早已分离，因而无《上贞观政要表》。
写字台本与南家本、菅家本不同，比较客观的说，写字台本是吴兢撮录《国史》旧文，着手编录“贞观故事”的草本，而南家本、菅家本则是吴兢家藏稿本。卷第四的4篇21章，绝大多数都很重要，不可弃而不用！若以吴兢进书前的境遇，更希望“直谏”玄宗，因而在最后编定上奏前，不可能改变全书结构，便从《辅弼》选出2章、《直言谏争》选出10章，又从钞本所未见的稿本中选出3章，编为卷二《直谏》附15章。
《禁末作》附，也应当是吴兢在最后编定上奏前所增。以明本的3章而论，第一章，段纶奏进巧人造傀儡戏具，钞本在卷第八《论赦令》，无论如何都有“分类不当”之嫌。第二章，“贞观九年上谓侍臣曰”，虽然与卷六《论俭约》第一章有重出的部分，但唐太宗一开始所说“为政之要，必须禁末作。……”38字，却为《论俭约》所无。编用此章，旨在强调禁末作，故有此38字。而《论俭约》，着重在戒奢从简，因而没有这38字。
《辩兴亡》，明本仅2章，均在钞本卷五《论仁义》。此篇的有与无，牵涉后面各篇排序。钞本无《辩兴亡》，后面《论祥瑞》、《论灾异》分作两篇。刊本有《辩兴亡》，后面则合《论祥瑞》（1章）、《论灾异》（3章）两篇为《论灾祥》一篇，仍然是同样内容的4章。将祥瑞、灾异分开编目，无论从《唐会要》、《旧唐书》，乃至北宋前期所编有关唐代的历史文献看，都是符合当时编纂习惯的。吴兢编纂之初，设此篇目没有疑义。但当最后成书的时候，却发现整部书10卷40篇，惟有《论祥瑞》一篇仅一章，而又无其他符合此篇内容的章可以移入。这在最后编定时，是1个需要处理的问题。据《玉海》引《邯郸书目》著录，宋代《贞观政要》有辩兴亡篇，则经蒋乂整理本应有此篇。是否蒋乂整理时增补了《辩兴亡》，同时合《论祥瑞》、《论灾异》两篇为《论灾祥》一篇，解决了吴兢留下的一篇一章的问题呢？由于蒋乂整理本到北宋刊行后才得以流传，因而便与日本现存钞本出现较大差异。
至于钞本有、刊本无的16章，如果说是宋刊本有所取舍造成的话，那么钞本无而刊本有的12章，却只能是日本现存各钞本外，还有他们没有见到的本子。因而，现存钞本不可能是所谓“进本”或“定本”。其他，篇章移易、文字脱漏，则主要是在流传过程中造成的，不再论列。
总之，上述种种情况充分说明，南家本、菅家本、异本所据绝非“吴兢定本”，而元刻、明本、韩版所据更难断定为“吴兢定本”。陈寅恪教授在《元白诗笺证稿》中通过白居易作《七德舞》诗与《贞观政要》文的对照，已有论断：罗振玉“虽有‘欲复唐本之旧，苦未能得其全本’（见罗氏松翁近稿贞观政要残卷跋）之言，其实纵得日本传写政要之全本，恐亦不能悉复吴氏原书之旧观。”现存各种钞本、刊本，均非吴兢原本！
660多年前，戈直集论《贞观政要》而未作集校，国内流传各种本子却因此而消失。于是，出现了中国学者无他本可以校其“移易篇章”、“刊刻衍脱”，而日本学者则成果不断涌现的尴尬局面，这不能说不是1大憾事。日本学者凭借流传的各种钞本、刊本，对该书进行过多次校合、整理，在文字校异方面作了大量工作。但因大都囿于南家本、菅家本2个承传系统，又过分相信江家本《上贞观政要表》最后所署题衔，便误以为日本所传《贞观政要》古写本为“吴兢定本”。其实，所谓的“吴兢定本”实非定本。
为追寻1个完备的《贞观政要》本子，就所见海内外钞本、刊本进行一次集校，共得287章。其中，各本完全重复者1章，实为286章。其篇目、编次各本（钞本南家本、菅家本、写字台本，刊本元刻、明本、韩版、戈本）多所不同。依据现今所见最早完整著录《贞观政要》篇目的书目――《玉海》所引《邯郸书目》（北宋编成），编次《贞观政要》10卷40篇。同时，保留刊本卷二《直谏》附、卷八《禁末作》附2个附篇。钞本写字台本卷第四，编为全书附录，以供参考。
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